2006年为庆祝学校建校70周年，在全校开展了中山中学新校旗设计大赛，截止2007年1月，学校共收到1500份作品，经过评审委员会初审，评选出50份入围作品，之后，在全校范围内征集师生的意见，并进行了投票，全校约1500人参与了投票，产生了前5名。经过学校行政会讨论，在前5名中选定11号作品（设计者：初2005班学生阳华）为母板，并作出了相应的修改，校旗的蓝、白、红沿用了校徽的三原色，以蓝色为底色，上书汉字“桂林市中山中学”，下标英文“Guilin Zhongshan Middle School”，以“天下为公”圆形纪念徽章为标志图案，纪念中山精神,使之更符合中山中学的身份，更具代表性。最后，评审委员会终评通过了修改意见，并进行了印制，中山中学新校旗从此以崭新的面貌，饱含中山中山师生整齐活泼、刻苦耐劳、诚信明礼的精神，呈现在世人眼前，中山中学在这种精神的引领下，奋发前进，不断创新，在狠抓素质教育的同时，以科研促教学，教学质量不断提高，高考成绩每年均居全市普高第一，各项指标遥遥领先于同级学校，2015年正式跨入了广西示范性普通高中的行列。